公司现在申请保密资格，保密费是可以单独立设科目做账的，而且在这部分费用做账也有一定的规定。首先，你需要在财务报表上单独作记账，即将保密费作为一个费用账户，有独立的账户号，明确标明该费用归属于保密费用，同时保证资金之间的来往记录准确、完整及有效。其次，你需要对费用的数额和发生时间进行准确的记录，以便核对保密费用的科学性和合理性，同时有助于发现保密费用被处理不当的情况。最后，相关的经营及财务比率指标仍需要正常的统计计算，即将保密费的费用统计在内，以确定其在经营及财务比率指标依据上的重要作用。总之，保密费的记账和管理就是要符合准确、完整、有效及合理的原则，以确保公司保密费用的科学性和合理性。