处理供货方发票缺少二三联的方法有： 一、可向供货方申请补交发票，供货方重新开具发票，购货方按照发票上内容缴纳增值税。 二、若供货方不同意重新开具发票，可以由购货方银行付款凭证、账册备查等票据，与发票检讨，以及 供货方的签名、盖章等，提交税务机关备案报批，只要能够明确有关交易的性质，时间、金额、类别等，税务机关会按照备案的情况，把关联的增值税进行结算。 拓展知识： 对于印花税，发票缺少的情况，有规定要求发票重开，或者提交税务机关审核备案，可以减免印花税。