补付购甲材料余款40400元是指由原定的费用中余下的金额，补付到购买甲材料的总价中。这类情况通常是在原定价格无法满足需求的情况下才会出现，具体而言，补付余款是在经过双方协商后，甲方确认补足乙方运输成本而产生的支出，以及在商品收发过程中，不可预知的额外费用。补付购甲材料余款，是在完成购买甲材料后，需要付出其余款项才能完成整个事务的。 拓展知识：从财务管理角度来看，补付购甲材料的余款应采取一个控制措施：即先规定一个正常的价格，并有充足的财务准备金支持；然后才考虑签订补付余款的协议，以避免出现额外的费用。此外，补付的余款也应该在真正完成所有业务前支付，因此，企业及时进行业务管理，并希望可以提前获取资金，以更有效地控制费用。