3%增值税专用发票和普通发票的主要区别： 1、开具资格不同：3%增值税专用发票仅限增值税一般纳税人开具，普通发票也可以由小规模纳税人开具。 2、发票格式不同：3%增值税专用发票和普通发票，在发票格式上有明显的区别。 3、税率不同：普通发票开征税率为6%，而3%增值税专用发票开征税率为3%。 4、抵扣税额不同：普通发票可以抵扣税额，3%增值税专用发票不能抵扣税额。 小规模纳税人开具3%增值税专用发票不能免税，只能贴现，也就是购货方只能按贴现价格支付货款，销货方可以从税务机关获得贴现后的货款的收入。而普通发票开征税率为6%，可以免税，也可以抵扣进项税额。具体是否免税，需要查看发票商品是否为免税品。 拓展知识：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定，增值税一般纳税人开具的有3%、6%、16%、17%四种税率，开具3%增值税专用发票。3%税率适用于具有以国家税法确定的特定情形、实行零税率的纳税人，此类商品会被视为免税商品。