审计底稿中填写缴纳所得税、付工程款、缴纳增值税、付员工奖金的关系和款项性质应该按照以下步骤： 首先，要根据实际情况弄清楚每项款项的性质，判断其是费用还是收入、是投资性还是经营性的。 其次，要明确每项款项的来源，即其是税务机构要求交纳的税款，还是企业招投标获得的工程款，或者是企业支付给员工的奖金等。 最后，根据国家财务标准对每种款项的科目做相应的安排，具体来说，缴纳所得税应归入应交税费；付工程款应归入银行存款；缴纳增值税应归入应交税费；付员工奖金应归入工资及奖金。 拓展知识：审计底稿是审计的重要依据，也是审计报告的基础，是一份详细的文件，一定要做到充分、准确、清楚，否则会影响审计结论的准确性。