当两家公司被认定为同一法定主体时，可以进行开票操作。但是在开票之前，需要进行资质认证，确保双方公司具备开票合法性，可以通过营业执照、税务登记证、组织机构代码证等资质文件对双方公司进行认定，以确保双方认定为同一主体，真正是同一家公司。另外，需要注意的是，被认定的双方公司财务信息也要统一，包括开票地址、发票抬头、税务登记号、开户银行等，一旦存在差异，可能会面临政府监督部门的处罚。 另外，如果两个公司行政地址不同，可能会受到税务部门的把关。因为税务部门针对同一公司多地开票这种情况，会认为存在一些问题，为了防止虚开发票的情况发生，会对发票开具情况严格审查，所以双方公司地址最好保持一致，以避免被税务部门监管。 总之，双方法人相同，可以相互开发票，但是需要提前做好相关准备工作，核实两个公司资质文件真实性，保证财务信息一致，避免受到政府监管，并定期审计财务信息以及开票情况，以免耽误企业发展。 拓展知识：此外，如果双方公司是跨境的经营关系，那么开票的双方公司需要签订《税务委托代理书》，另外还需要向当地税务局申请开票，以确保开票手续的合法性。