网签三方协议扣款的具体流程为： 1. 双方签订三方协议，协议中应包括扣款方式、扣款金额、扣款时间等条款。 2. 三方账户在网银开户，并将协议细节正式确定。 3. 甲方将货款转入三方账户中，同时网银系统会自动记录货款转入时间，并可以随时自行查询货款状态。 4. 乙方通过网银实时进行货款扣款，扣款金额必须与三方协议签订前的约定一致，否则甲方有权回拨货款，乙方有义务补足不足的货款。 5. 三方支付完成，乙方需要定期向甲方及三方账户明确发票，以印证扣款完成。 扣款时，每一方都应当严格遵守三方协议，认真查阅协议各项条款，严谨管理账户，逐步完善实施程序，及时发票印证，以确保三方账户货款正常性流转。 拓展知识：三方账户可以进行跨行转账，支行相同的情况下，可以享受跨行快捷扣款，节约时间；另外，三方账户还可以绑定实时凭证支付，增加交易的安全性。