根据目前国家有关法规规定，当合同实际发生金额大于合同签订金额时，印花税以实际发生金额为基数缴纳。印花税应当由出资实际发生金额计算收取，即实际发生金额作为计税依据。实际发生金额指的是根据双方对帐单明确确认的实际支付的金额，而不是按合同约定的金额结算的合同数额。印花税的缴费比列并不影响缴费的基数，因此只要实际支付金额大于签订金额，都要按照实际支付金额缴纳印花税。 在缴纳印花税时，我国还制定了一定的征税比例，根据不同的纳税主体在不同的行业，以及不同的付款方式，印花税比例会有所不同，常用的印花税截止比例为0.05%，但也有更高的截止比例，比如质押融资印花税的截止比例就比较高。因此，只要实际支付的金额大于签订的金额，就应当按照实际支付金额来缴纳印花税，而不能按照签订金额算缴纳印花税。 此外，在缴纳印花税时，可以凭借统一开具的印花税完税证明申请税收返还，可以通过这种方式缓解缴纳印花税时造成的负担。