供应商开出来的专用发票丢失了时，应及时向税务机关申报，并要提供相应的证据申报。首先，应当向供应商出具写有“专用发票丢失了”字样的书面声明，该声明由供应商签字确认；其次，还应提供有关账款冲销，以及丢失发票项下的货物收货情况等有关资料。最后，在税务机关审核确认了上述资料后，将正式按丢失发票的数量更正实际交易金额后，出具税务登记表。 此外，为了避免发票丢失，建议企业在发票开具和使用上应制定科学的发票管理制度，把发票的收、开和使用等全过程进行规范、有序的管理，除了加强会计管理，还应有准确的查验、账务核查等措施，以免发票被盗用，从而造成税款无法正常申报支付。