甲乙公司转让股权的个税申报要根据实际情况进行申报，首先应查验甲公司法人代表和股东的个人信息，包括姓名、身份证号等，并将其信息填写到《个人所得税纳税申报表》。之后，按照个税申报程序，将甲乙两方股权转让情况实质地列明在“减 免 税 所 得 ”项 目中，申报转让股权所得个人所得税，以及减免税收入以及减免税期间所得税额。最后，按照个税申报程序，审核申报的税额，向税务机关提出纳税申报。拓展知识补充：另外，为了保障甲公司上述股权转让活动正常进行，甲乙两方还需要提前向税务机关申报股权转让信息，以避免发生重大后果。