根据相关税收法律和规定，盈利性质的医疗诊所公司，无论小规模纳税人还是一般纳税人，都必须缴纳增值税。 小规模纳税人缴纳增值税可以按照下列几个点进行：①根据销售的货物和劳务的不同，按照国家公布的费率，确定增值税的缴纳率；②计算应纳增值税；③缴纳增值税，根据实际情况可以现缴或者定额缴款。 一般纳税人缴纳增值税也有几个点，分别是：①根据销售的货物和劳务的不同，确定应纳增值税的税率；②计算应纳增值税；③缴纳增值税，根据实际情况可以现缴或者定额缴款；④于每月月末完成月度结算。 如果对分公司的销售收入都入到分公司，但是所需的供应商开的成本票单是开给了总公司，且总公司和分公司之间的库存商品转移也必须开具发票。这种情况下，分公司应该将收到的总公司出具成本票单和库存货物转移发票等记载在本月份的增值税发票购买明细清单中，并对相应发票进行有效核销，抵扣当月纳税额。 总之，一般纳税人和小规模纳税人均必须缴纳增值税。如果总公司和分公司之间的库存商品转移，其他涉及到的发票也必须开具，并纳入本月份的增值税发票购买明细清单，进行有效核销，抵扣当月纳税额。 为进一步提高企业税收管理的准确度、便利性和安全性，该企业可以考虑选择一些企业税收管理软件，例如税务系统、财务管理系统等，帮助企业高效进行税收管理，减轻企业的负担。