公司收到对方公司给出的软件服务费的发票，应该作如下收支：1.记录向对方公司付费，应借付款或应付账款科目；2.记录收对方公司的发票，应贷应收票据科目；3.再把应收票据科目的金额，转入收入科目，根据转入的收入科目，记录营业收入、服务收入、研发费用等，及其他费用，如运输费、业务招待等。 拓展知识：当公司收到来自客户支付的款项或票据时，应录入应收账款或应收票据凭证，根据会计凭证的性质区分，记账时应借应收账款或应收票据，贷现金或银行存款，同时记入收入类科目。实际上，财务会根据实际收费情况作相应财务处理，以确定最终的收入额。