在这种情况下，公司最好提供给这位员工一份发票，记录该员工已经支付了100万人民币的其他应收款，并做贷项凭证，该发票需要员工的认可，或者签字确认，给他支付一份费用。同时，公司应当在记帐上将员工的其他应收款冲掉，直接将应收款金额从私户中扣款，以免影响账户的正确性和准确性，使公司能够准确反映财务状况。另外，公司还可以采取必要的措施，保留有关财务数据的完整性，以便随时做出准确的财务处理。