针对公司在注销的过程中有200多的预付款发票没开的情况，一般情况下，需要将这笔预付款记录为营业外支出。但是在处理之前，首先需要认真了解这笔预付款发票为什么没有开出。如果是由于供应商提供的服务或商品未满足公司的要求，导致没有开出应收发票，那么需要先与供应商拿回这笔预付款，然后再将营业外支出进行登记，这样做可以维护公司的利益，以免因为预付款发票没有开出而导致的损失。同时，还需要做好登记工作，及时将营业外支出写入账本，以备日后核对。