是的，公司可以在9月份补记做账务处理。根据《财政部 国家税务总局关于进一步明确小规模纳税人税收征收管理有关事项的通知》（财税〔2013〕60号），小规模纳税人可以补记减免税金，补记的具体时间，可以在征收机关审核及准予减免税金的申报材料后的1个自然月内，依据税务机关给出的减免税金证明补记减免税金。这里有两点需要注意：首先，小规模纳税人补记减免税金，税源所在期间必须已经在申报和纳税完成；其次，补记减免税金不能超过当期实际应纳税额。 其实，纳税人补记减免税金也是一种财务计提的方式，可以使财务回归到正轨，有利于财务会计记账的更准确、更合理。因此，在做减免税的时候也要注意会计准则以及相关征管规定，避免操作失误，确保财务会计记账准确无误。