当有限公司的股东发生变更时，虽然税局没有及时变更，但这一情况仍然会对公司的税务产生影响。一方面，任何公司认定的交税主体必须与其登记的股东信息一致，任何变更都必须及时向税务机关申报，以便被明确确认；另一方面，税局在核定证券投资项目所得减征企业所得税比例时，仍以原股东的企业身份及其合营情况为依据，如果没有变更，可能会影响公司的实际投资效益。另外，有限公司不及时变更股东的情况下，公司也可能会受到税务机关的处罚或处理。 拓展知识：有限公司变更股东后，除了及时向税务机关申报外，也应该做好股权转让的相关文件，以便在其他相关税务报送时有具体的证明凭证。另外，在变更股东后，公司应该重新审视其财务状况，确保其税务报表的准确性，尤其是确定股东的偿付能力以及变更前后的净资产变化情况等。