是的，根据国家税务总局有关规定，一个合同可以分别开9个点和13个点的发票。9个点发票是指发票上显示的总金额不超过9000元，13个点发票是指发票上显示的总金额大于9000元，但不超过1.3万元。若超出这些点数，应开具专用发票。 发票金额与所开发票类型有关，一般税务局的规定，普通发票上单张发票的最高金额是9000元，超过这个金额必须开具专用发票。普通发票开具时，受限于发票上的税率，发票金额不能超过9000元，但是发票金额可以小于9000元，比如3000元或者5000元等。 因此，建议您根据合同双方实际商议，根据税务发票规定，在发票金额不超过9000元的前提下，可以分别开9个点和13个点的发票。