是的，企业缴纳的职工社保和机关部门缴纳的社保有一定的区别。首先，缴纳的机构不同，企业社保一般由企业缴纳，机关部门社保由机关部门缴纳；其次，缴费比例不同，企业缴纳职工社保的缴费比例有明确的规定，一般缴纳9%，而机关部门社保的缴费比例则有所不同，根据不同的机构缴纳的比例也不同；最后，社保项目也有所不同，企业社保有法定——五险一金，而部门机关社保可以根据不同单位的情况，来增加和减少社保项目，也可以增加某些社保福利。 综上所述，企业缴纳的职工社保和机关部门缴纳的社保有一定的区别，可以根据不同机构和不同社保项目来分别缴纳。拓展知识：根据《社会保险法》规定，实行职工各项社会保险的费用由企业和职工双方共同支付，企业承担的社会保险费及其占比，职工承担的社会保险费及其占比各式各样，由企业与职工约定。