首先，建筑工程企业在领用外购存货和领用自产存货时，增值税会有不同的处理。 外购存货：建筑工程企业对于外购存货，企业应当按照发票实际价格缴纳增值税，同时也可以通过“进项税额分摊”税法将税款分摊到不同工程项目上，以减少应税额及负担税负。 自产存货：建筑工程企业领用自产存货时，企业应当按照实际采购成本缴纳增值税；如果自产存货后由于部分材料发生废品报废，应当按照其实际采购成本，减去废品重量所占采购成本，缴纳增值税。 拓展知识：建筑工程企业应当注意，如果采购存货时使用的是替代税收凭证，应当按照该凭证上标注的税率缴纳增值税；如果采购存货发生货损，应当按照货损商品重量所占采购成本，减去应缴纳的增值税。