首先，在自然人电子税务局（扣缴端）为新员工入职做个税计算时，发现原单位有专项附加扣除信息却没有更新出来，这可能是原单位并没有正确申报纳税人的专项附加扣除信息。 因此，第一步应该是联系原单位，要求他们按照指定的格式和要求将专项附加扣除信息正确上报，以便获取准确的专项附加扣除信息。 此外，当获取完整的专项附加扣除信息后，还需要完成一系列的税务程序，以使新员工的税收减免更加全面。例如：纳税人需要报告他/她的税务状态，包括任何可以抵扣的支出，并且应当在收入完成后进行税收申报，以便获得税收减免。 最后，新员工应该确保定期对自己的税务状况进行检查，以确保专项附加扣除信息的正确性和完整性，并及时向税务部门提交税务信息，以获取全面的税收减免。