老师，社保基数变更后补缴的保险个人部分应该从员工后续工资中扣除，这是依据《保险法》的规定来完成的，即有关补缴的社会保险费，应由参保单位和个人分担，参保单位由于未能及时缴纳，可由补缴个人获得减免，参保单位仍应按规定支付补缴的社会保险费。另外，在社保基数变更后，应准确地计算出补缴个人与参保单位应缴纳的社会保险费，以让员工的社会保险缴费金额不至于超出社会保险基数太多。 拓展知识：在社保基数变更后，应按有关规定，提前完成基数变更，而且，社保管理部门应根据变更后的法定基数结合实际情况，精准调整后续门类及缴费标准。此外，要积极做好参照公积金基数来调整个人账户缴存比例、全额提取等业务的工作。