首先，公司向员工借款，款项已经打到公司账户，需要完成入账的操作。 1、在公司向员工借款的协议文件上，公司签字确认，然后将文件存档。 2、根据协议书签订日期，到财务账套当月应缴纳的报税企业所得税预缴额及个人所得税预缴额，确定具体应缴税金额，核实应缴税金。 3、完成借款入账，公司需要在财务系统记账：如果是支票借款，记账形式为：银行存款xx元——银行xx元；如果是电汇借款，记账形式为：银行存款xx元——应付工资xx元。 4、同时根据借款入账，记账形式为：应收账款xx元——应付账款xx元。 5、最后，公司需要准备一份完整的合同和申报表格，报送税务局，以便于税务局查到有关借款入账的情况。 总之，公司需要准备一份正式的协议，做好相关记账处理、缴税以及报送税务局等手续，才能完成公司向员工借款的入账。 拓展知识：财务账套是一个统一的财务体系，其中每一科目都有明确的记账规则，各科目之间有关联、协调，以及财务状况的报告，是按照国家财政部对财务会计的原则和规则设计的，专业有效的工具，使企业能够清晰的掌握财务状况并作出合理的决策，从而实现企业的可持续发展。