海关专用缴款通知书是用于申报增值税时填写抵扣进账税额的，因为缴款通知书是海关审核增值税申报表所需的有效证明，它确实证明进口商已经向海关支付了缴纳的增值税，才有抵扣进账税额的权利。而缴款通知书本身就是海关财务系统生成的，是税务机关可以信任的证据，故需要在申报增值税时填写抵扣进账税额。 增值税抵扣进账税额，指的是代开增值税专用发票或者发票交验以后，企业采购货物或者提供服务，付款时将采购费用乘以进项税率，缴纳到海关的税款，可以将这部分税款从其所得税，抵扣到企业的外部总税额中。只有拥有海关专用缴款通知书的企业才有资格申请抵扣进账税额。