对于对公打款4万，开发票39999.65元这种情况，应该从以下几个方面进行处理： 1.严格按照税务规定，首先分析案例中财务发票的价格是否合法，是否符合所需准备的财务资料。 2.根据税收政策，发票金额高于实际打款的金额部分，应该及时一次性交纳个人所得税，并按照规定把这部分税款交给税务部门。 3.按照标准财务流程，及时更新打款金额，并开具正确记账凭证或凭证分录，以便清算账务。 4.定期开展财务审计，针对不合理发票及时进行查账，并做出处理意见，保证财务的准确性和有效性。 拓展知识：对于企业发票，税政机构要求企业不得低于开票标准，也不得高于打款金额，否则将受到税收处罚。