新增的员工可以做专项附加扣除录入，但是是否员工可以自己操作或者会计操作，取决于个体公司的设置。一般来说，在进行专项附加扣除录入的时候，员工可以进行自助录入，但无论是自助还是会计录入，都需要定期进行专项附加扣除的核实和确认，以确保员工的专项附加抵扣的真实、准确性。其中，自助录入的优势在于可以更加接近于员工，可以及时反馈和调整，更加方便员工进行信息收集和录入，同时也有助于员工深入了解专项附加扣除的相关规定和抵扣流程。而会计录入则需要由会计来专业地准确地完成报税手续。拓展知识：后续专项附加扣除的管理，要求定期对扣除状态向税务机关进行申报，因此，还需要在申报前准备相关分摊数据、抵扣资料以及缴纳税款等，以确保企业在报税中始终处于合规状态。