根据相关规定，公司可以抵扣该车的进项税，但前提是车辆要在公司名下，且车辆必须具备营业性质，否则不能抵扣，而子公司控股99%1的情况下，车辆并不处于公司名下，故无法抵扣进项税。 为了继续抵扣，公司可以通过一些法律手段，将车辆转移至公司名下，如通过公司股权变动，使车辆处于公司控制之下；或通过合同的形式，让公司拥有对车辆的使用权及相关费用，以此来使该车辆转入公司名下。 此外，进项税抵扣的相关申报，需要公司按照有关规定提供有关证据，如果车辆是作为公司的营业设备使用，则还需要购置合同、能够证明公司拥有车辆的证明文件等。合理准备抵扣的全部材料，有助于工商税务部门对申请进行审核，有利于公司获得更快的税收优惠。