财产清查发现因管理不善造成库存包装物发生损毁，损毁产品数量为100件，单位成本为300元，需要承担的增值税为3900元。根据增值税法，当实物流通领域发生破坏或灭失，可以通过征收增值税来补偿损失。由于损坏的产品的单价为300元，100件总价为30000元，根据增值税法，企业在此需要承担增值税3900元。 拓展知识：增值税是国家税收的主要组成部分，是从生产经营活动中产生的价值中收取的税款。增值税是一种税金，它从未加工或者低加工产品开始，随着商品价值的不断提高而累积，最终形成一定数量的税款。