自然人同时是两家公司的法人，个税应该分别申报。因为每一家公司都有其自身的经济活动，所有需要按照自身经济活动来申报，例如说每一家公司产生的收入，已经产生的税理。因此，如果不分别申报，就会造成一家公司的税理和另外一家公司的税理混淆，影响税收申报，也就是不符合税务相关规定了。 拓展知识：除了自然人同时作为两家公司的法人，还有企业可以同时兼任多家公司的法人，也需要分别申报个税。此外，在税务申报中，还可以有关联方互相优惠的情况，例如，一家公司可以正常申报，但其关联方未能正确申报，可以根据有关规定，由企业负责向税务部门申报，以免发生税收违法等情况。