处理遗失增值税专用发票的方法一般有保存发票遗失凭证的方法和申请补发的方法。 保存发票遗失凭证是指当纳税人凭借发票联遗失而不能按规定抵扣增值税时，可依照增值税法第十三条第三款规定，向税务机关提出发票遗失申请，并按要求提供发票遗失凭证以及有关证明，由税务机关经审核后，准予其抵扣。 申请补发的方法是指，纳税人在损失增值税专用发票联时，可向开具发票的税务机关申请补发发票联，但需按税务机关要求，提供有关证明及审批文书等资料，不得滥用此项规定。 需要注意的是，纳税人损失发票联的，只能采取上述两种处理方法，禁止向税务机关申请补开发票，以保证发票准确性，为合法税收减免提供税收凭证。 拓展知识：据《增值税法实施条例》的规定，增值税专用发票只能在开具后的一年内使用，过期无效，所以纳税人也要注意发票的时效性，以免浪费。