股权变更后，公司认缴和实缴股份的关系以及股东协议将会发生改变。根据《中华人民共和国公司法》，当股权发生变更时，股东应办理变更登记，对发生变更的认缴股份，应再次办理认缴登记。而对于实缴股份，需要再次办理实缴登记。另外，如果A公司发生股权变更且吸收B公司，则需要B公司所有股东协议及出质股权。 拓展知识： 股权变更后，公司法律意义的股东协议也会发生变化，相关条款将需要重新协商，而且因为股权结构、股东关系发生改变，新旧股东之间可能会引发纠纷。因此，当发生股权变更时，企业需要重新商议股东协议，以便依法保护好新旧股东的权益和利益。