进项发票认证缺失一般需要经由完善程序来处理，一般步骤如下： 1、申请查询 首先，可以向发票管理机关提出书面申请，查询原发票是否已经登记认证，及其登记认证情况。 2、填写补办申请表 对于认证缺失的发票，需要填写补办申请表，经办发票机关会审核后登记认证发票。 3、准备相关证件并支付费用 申办补办发票的相关资料必须准备整齐，还需要缴纳相关费用，交到认证机构，由认证机构审核并登记相关内容。 4、发票补办 该程序通过审核后，发票机关就会将补办的发票制作完成，剩余的正反两联发票会寄到购买方手中，以完成发票的补办。 补办发票的后续处理，当然也要按照正常的记账，报表，认证程序来处理，否则会影响企业财务运作的数据准确性。 拓展知识： 随着税务部门的政策的更新，国家不断提高发票管理的要求，使得发票管理程序越来越复杂，企业需要做到发票有效利用、准确管理，特别是对于发票缺失情况， 需要立即处理以减少税收负担。