由于总公司和分公司之间签订的是内部授权协议，无法为三方协议提供有效的发票，因此由总公司负责向甲方开票。总公司在开具发票前应与分公司确认施工工作的实际情况，以及核实分公司提供的施工服务是否与三方协议所规定内容一致，并确定发票等详细内容是否正确并符合税法规定。三方协议决定由总公司负责开票，这不仅是因为总公司是三方协议的签约方，而且更重要的是总公司的财务管理更加严格，可以确保准确合规的开具发票。 拓展知识：开具发票是一个重要的财务管理环节，因此在此过程中一定要严格按照税法规定和公司规定执行，不仅需要税收部门监督复核，更要求企业管理者能有足够的敏感性去分析发票各项信息。