夫妻股权转让时，由于涉及双方利益，因此会有印花税交纳。对于公司名义交纳的印花税，目前工商部门要求应当通过个人名义交纳，因此按照《印花税暂行条例》的有关规定，公司名义交纳的印花税可以向工商部门申请退款。但是，在申请退款前，必须先申报印花税，由当地税收机关确认确实收取印花税，经税务有关部门审核，再办理退款手续。同时，退税期限也是一个重要的考量因素，通常一般情况下，退税期限为一年，超过一年时间则不允许申请退税。所以，在申请退款前，需要先行核实印花税实际交纳，特别是考虑到公司名义支付的印花税，在申请退款时，必须保留完整的缴费凭证，并及时向工商部门发出申请退款的请求，以便成功地申请退款。