针对超市行业，从合作社取得免税的水果发票，可以按照3％的税率计算抵扣。从法律法规的角度，超市行业在取得水果发票时需要提供自产自销证明，发票上也需要备注“自产自销”的字样，以便税务机关核实企业的自产自销资格。由于水果发票适用的税率很低，要想享受抵扣税收的优惠，超市必须提供自产自销证明，不然一旦税务检查就可能被处以重罚，甚至被取消抵扣税收的资格。另外，对于使用水果发票抵扣税收的企业，还需要严格遵守相关法律法规，以及落实自产自销的实际操作，才能保证有效的税收减免权益。