抵扣过的专用发票作废的方法有两种，一是物理作废，即刮掉发票内的税控代码及发票号码；二是电子作废，在发票管理系统中对发票进行作废，具体步骤如下： 1、登录发票管理系统，进入发票查询页面； 2、在查询页面中查询到要作废的专用发票； 3、点击发票项下的“作废”选项，进入作废页面； 4、在作废页面中，需要填写发票作废原因，并点击“确定”按钮完成作废操作； 5、完成作废操作后，发票管理系统会提示“发票作废成功”，表明发票已作废。 在作废发票的过程中，应注意遵守当地的税收规定，确**程的合法性，以免遭受税收风险。同时，要加强对发票管理系统的安全保护，以免发票被非法篡改或者盗用。