根据相关法律法规，如果个人经营所得在税务局代开发票有好几十万，该员工仍然需要按照《企业所得税法》等有关规定进行年度汇算清缴。具体而言，根据《企业所得税法》第一百五十六条的规定，应当为营业收入和其他收入扣除税费的，税务机关应当予以确认，并交纳企业所得税。企业所得税是一种按年累积征收的企业所得税，可以由企业经过预缴、年报结转、补缴等方式清缴税款。鉴于该纳税人根据相关法律法规应当支付企业所得税，因此他在年底汇算清缴中应当交纳企业所得税。 拓展：企业所得税法规定，企业所得税应当按月预缴或者按季度预缴，按季度预缴的，应当在上一季的最后一个月的最后一个工作日前支付。因此，建议纳税人及时缴纳企业所得税，避免出现税负超标的情况发生。