您好，感谢您关注通行费能抵扣问题，在抵扣3%和9%通行费时，发票上应该有相应的抵扣项，如果勾选了几百张，却只抵扣了一百多，这可能是发票上面的抵扣项减少了，或者是抵扣通行费单价有所变动，需要核实一下发票上的抵扣数据，并确认发票是否完整无缺，这样才能确定抵扣金额是否正确。 此外，还可以通过税务机关的税收管理系统进行核实，可以查看实际的税收缴纳情况，以及有关抵扣的相关信息。了解完全的抵扣状况可以更好的了解、解决抵扣出现的问题。