分公司独立核算，总分公司申报财务报表的主要过程如下： 1、分公司应当按照财务报表格式，依据财务核算规范和财务报表准则，对其独立记账核算数据进行审核和编制。 2、分公司应当在规定的时间内，将编制完成的财务报表上报总公司，组成总公司财务报表申报系统，总公司接受并审核。 3、审核通过后，总公司将不同分公司的财务报表整合，编制集团财务报表，然后上报政府和监管机构审核，最终出具合格的财务报表。 拓展知识：总公司编制财务报表时，除了需要考虑分公司的财务报表外，还要考虑集团内部各类签订协议、股权结构及其改变等因素，以及各分公司之间发生的固定资产迁移、债权债务结转等交易，以保证财务报表的客观性和真实性。