根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八十九条的规定，当已用定额通用发票额度超出使用限额时，应当进行退票。退票时，当然是要将原来涉税交易的金额在发票上做退补录入，既要把本次涉税交易销售额、含税销售额填入发票，又要把税额填写了。当本次涉税交易的税额不满一张发票的税额时，应当以销售价格为准，按照增值税税率算出税额填写发票；当本次涉税交易的税额大于一张发票的税额时，应当按照本次涉税交易实际金额算出税额填写发票。因此，在这种情况下，应当按照1000／1.03＊0.03计算出实际金额和税额，填入发票可以退票。 此外，关于财务没有拿发票存根做张的情况，应该及时向当地税务机关核实，给出正确的税务建议，以免出现不必要的罚款。同时，要进行及时的税收信息备案制度完善，以便更好地把控财务状况，减少财务问题的出现。