代理记账公司把收到客户的款放在应收账款的贷方，是因为款项是客户支付的，公司暂时还没有给客户开出发票的原因，需要先将款项报销到贷方，这样客户就可以从单据看出是自己支付了款项，也是为了避免客户维权时，可以证明自己已经支付了款项。拓展知识：实际上，在开票前，该款项应该先存入银行，在银行内部存取，这样才能够建立客户资金流向的真实性，并且能够让收款人在开票时，知道对方款项是否有变动，也就是防止出现另一方款项有变动的情况。