是的，取得自来水公司开具的3%的增值税专用发票，可以勾选抵扣。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第三十四条，增值税纳税人在使用专用发票时，可以向税务机关申请按规定的抵扣税率，抵扣应纳税金额。而根据国家有关规定，自来水公司对水费的增值税税率为3%，因此自来水公司发票上申明的税率和应纳金额可以勾选抵扣。 以上就是取得自来水公司开具的3%的增值税专用发票，可以勾选抵扣的问题的详细说明。增值税是我国税收体系中的重要组成部分，它是根据物价变动而变动的，抵扣税率对消费者和购买者也是一种积极经济激励，进而促进经济发展。因此，有效地控制增值税抵扣率，可以增强企业纳税义务，缩小税收空白，同时也可以减轻消费者的负担。