一般情况下，个人住房公积金每月扣除部分可以在个税申报专项扣除中申报扣除，每月可以扣除最高1200元。因此，该公司员工每月2000元的住房公积金，可以在个税申报专项扣除中填写1200元。 需要注意的是，住房公积金每月最高只能扣除一次，不可以超过1200元。即使每月应缴纳的住房公积金超过1200元，也只能填写1200元进行扣除。 此外，企业以及员工在每年的实际缴纳金额必须大于6000元，方可在个税申报时享受住房公积金专项扣除，若缴纳金额不足6000元，则无法享受住房公积金专项扣除。 拓展知识：目前，住房公积金专项扣除不仅包括每月缴纳的住房公积金，还包括个人发生的住房贷款利息及房产税，但扣除限额仍然是每月最高1200元。