企业注销时，如果净利润有6000，首先，应该把剩余的6000全部缴纳到税务机关，扣除相应税费后，企业负责人要把净利润分配给企业出资人，按照出资比例分配，如果还有剩余，则把剩余的钱分配给社会公益事业管理机构。 企业注销后还应当按照国家的规定，把企业的账簿列明，应交纳的税款、货物，财产和权利以及每一级企业和经营者的权利义务做出一份清晰的详细的权利义务清单。最后，还要在报税期间，将企业的报税资料和账簿上交，以便税务机关进行审核处理，结清企业欠税情况。 拓展知识：企业注销后，凡是未结清的税款，可申请适用税务减免或者分期缴纳，以减轻财务负担。税务机关还会根据企业实际情况，对应征者提出的情况，对其申请进行审核，并给予适当减免税务政策，以减轻企业的费用。