小规模纳税人去年开出去的普票今年作废，而去年开进来的成本票已经入账，首先，应该根据有关法律法规，确定普票作废时扣减税款的方式，一般来说，扣减应纳税额时，可以采用有效发票扣减买方实际支付的销售额，或者扣减销售额后计算的应纳税额； 另外，对于未可抵扣的票据，也可以直接在销项税额减免表中申报； 此外，小规模纳税人可以根据《小规模纳税人销项税额减免暂行办法》中的规定，扣减进项税额。根据规定，小规模纳税人可以在申报应纳税额时，按照收付实际情况扣减正常交易发生的进项税额，但应收付款和税金不一致的，不得扣减； 最后，小规模纳税人也可以向税务机关提出其它成本票据作废，它可以申请纳税人抵扣，并在财务系统上进行书面核销。 总之，小规模纳税人在处理作废普票和成本票据时，需要根据有关法律法规，准确地确定扣减税额的方式，并将其记录在财务系统中，以确保纳税义务的正常履行。