这种事情要仔细考虑，开票给总公司，然后总公司付款给另一家单位，虽然可行，但是也可能引起一些问题，比如合规、税务、合同责任等。最好是乙方提交合法有效的证件，然后根据合同内容，有开票给乙方总公司，乙方另行付款给下属单位的条款，以此确认乙方的身份，此外，乙方还可以要求甲方提交具有法律效力的付款凭证，以便明确第三方单位的付款渠道。另外，甲方需要确认付款到乙方指定的单位是否符合法律法规，以防止存在财务责任。