增值税电子专用发票的抵扣及做账，与纸质增值税专用发票基本是一样的，只是电子发票有更多的安全功能。电子发票可以直接打印做账，但也可以通过其他方式传输，如双方可以约定以电子文档的方式传输，可以用电子文档的形式存档，存档后还可以网上查验。不像纸质发票，发票号将被验真，若被篡改，将无法进行查看。此外，电子发票还具有解决假发票问题的作用，在相关部门对比验真时，可以远程查询出电子发票的可靠性，有效防止发票被篡改、造假。 电子发票也有其他方面的优点：发票信息存储在中央控制中心，支持分布式查询，安全性高；政府可以快速监控税收的收入和流动情况；能够有效减少社会成本，节约印制、传输等纸张使用成本，避免冗余纸张的印制与回收；票据的存储及查询更加方便快捷，避免了由纸质发票产生的重复税收，节省税收和交易成本，提高了政府的财政运行绩效；还可以根据发票信息了解市场消费情况，建立供应链信息化管理等。 这是关于增值税电子专用发票的抵扣及做账的说明，从税收管理、经济运行、企业发展等多方面来看，增值税电子发票的出现都给企业创造了很多积极的变化，解决了传统纸质发票可能带来的很多问题。