建筑公司一般纳税人发票给甲方代发工人工资和乙方自己发工人工资区别在于: 1、从发票开具形式上看，甲方代发工人工资，一般是由建筑公司一般纳税人开具发票，这一发票可以在甲方的财务部门开具，但是在乙方自己发工人工资的情况下，乙方自己提出税收凭证，由乙方本人开具发票，乙方可能是一般纳税人也可能是小规模纳税人，不一定。 2、从税收扣除的角度上看，甲方代发工人工资的情况下，建筑公司一般纳税人在入账当中已经扣除了税收，而乙方自己发工人工资情况下，由乙方自己完成税收扣除工作，需要在乙方财务管理中实施严格管理，以确保履行纳税义务。 拓展知识：建筑公司一般纳税人在开票给个人代发工资时，有责任及时将工资补贴、奖金等发放给工人，并及时向国家税务机关申报缴税，这就要求建筑公司一般纳税人要遵守发放工资的规定，做到合理、准确的工资发放，以保障工人的权益。