农民工工资保证金账户和农民工工资专用账户确实有一定的区别。首先，农民工工资保证金账户是企业对农民工工资的一种保障，企业应当将农民工工资一定比例的保证金汇入其中，用以保证农民工的正当权益，如果发生违章情况，保证金账户里的钱可以用于补偿农民工的损失。而农民工工资专用账户是用于发放农民工工资的一种帐户，企业在每个月中将农民工工资存入对应的账户，从而可以安全、及时的支付农民工工资。 从以上可以看出，农民工工资保证金账户和农民工工资专用账户的定位是不同的，前者主要是为了保障农民工的正当权益，而后者是为了安全、及时的支付农民工工资，所以它们在功能上具有本质的区别。 拓展知识：此外，在实际操作中，农民工工资保证金账户和农民工工资专用账户还存在着一个相关性，即发生违章行为时，企业需要从保证金账户中赔款，而赔款之后，企业需要从农民工工资专用账户中补充保证金，以保证账户中的保证金水平。