员工福利公司负担个税的操作原则是：对员工福利所得税收，开展报税并将纳税负担由企业负担。首先，公司应承担当期纳税责任，在办理缴纳税款时，要把员工福利所得税收成为实缴税款，同时，应当按照相关税收法律规定和财政部门要求，正确确定税收口径。 其次，要正确识别对应的税收问题，确定税收类别、税率，以保证公司在税收缴纳的有序性。 最后，税收管理部门应当加强对税收的监督和稽查，落实税收责任。同时，应当宣传税收知识，确保公司在缴纳税款时遵循有效的税收政策，严密落实税收责任制。 拓展知识：一般来说，企业应当根据有关法律法规的规定，正确计算税收，适当发放福利，保障员工的合法权益，保证双方的合法权益得到保护。同时，还要严格按照规定履行税收缴纳义务，积极稽查税收，保证政府税收收入稳定增长。