首先，您应该把运费发票上的金额写在发票上，然后再根据对方支付给您的破损款，在发票上进行相应的修改，最后把相应的总金额与实际支付的金额进行对比，保证两者的金额一致。 另外，破损款的对公转账也应记录在发票上，因为，这是商业运输中的必要费用，我们在发票中需要准确的记录支出的费用，不仅是运费，而且也包括破损的费用。 最后，建议您把发票整理成一个统一的账本，针对每一笔发货对应收发款，及支付费用。以便于比对，避免漏记。如此一来，发票和付款才能完全对应。 拓展知识：发票是商业贸易过程中的必备凭证，不仅可以准确记录货物运输的费用，还能反映货物运输的实际情况，有助于保障双方的利益。正确开具发票，考虑到收付款及费用等多方面的情况，有利于企业的日常财务管理。